毒蛇（Venom Snake ） 配音演员： 基弗·萨瑟兰、 大冢明夫 毒蛇是本作的主角，玩家主要扮演他来进行任务。 通常被称为“大首领”（ Big Boss），而“毒蛇”（ Venom Snake）是他行动的代号。在《原爆点》中被炸弹炸伤，陷入了长达九年的昏迷。苏醒后组建了国际佣兵组织“钻石狗”。率部深入阿富汗和非洲，在阿富汗战争中寻找摧毁了“无界之师”要塞的罪人并予以复仇。

米勒（Kazuhira Miller） 配音演员：Robin Atkin Downes、 杉田智和 米勒名字中Kazuhira的含义是“和平”，通常被称为Kaz。和大首领有着相同的理想，与他共同建立了“无界之师”。在《幻痛》中坐上了佣兵部队“钻石狗”的第二把交椅，成为了“钻石狗”的战略指挥官。

山猫（Ocelot） 配音演员： 特洛伊·贝克、 三上哲 山猫曾是苏联特种战斗小队的指挥官。他是追随大首领的助手，亦是一生的劲敌，大首领的右眼便是他在以前打伤。《幻痛》中则在大首领的麾下负责“钻石狗”的审问和人事工作。

骷髅脸（Skull Face） 配音演员： 詹姆斯·霍兰、 土师孝也 骷髅面有着十分悲惨的童年，致使他全身烧伤。在《原爆点》中掌管着秘密间谍部队XOF，并在《幻痛》的年代建立了新的特种部队“寄生部队”（Parasite Unit）。

静（Quiet） 配音演员：Stefanie Joosten 《幻痛》的新人物。参与了阿富汗战争的女性狙击手。在《幻痛》中加入了大首领的“钻石狗”。Quiet为人沉默，她的身体经过实验的改造拥有着超越常人的力量。

帕姿（Ortega Andrade） 配音演员：泰拉·卡伦多芙、 水树奈奈 通常被称为 Paz，名字意为“太平”。在1974年作为间谍机关“密码”（Cipher）的一员，潜入了“无界之师”，最终导致“无界之师”被捣毁。她身为KGB和CIA的多重间谍，伪装成一位热爱和平的哥斯达黎加少女。

休伊（Huey Emmerich） 配音演员：Christopher Randolph、 田中秀幸 秀一在“无界之师”时期就帮助大首领和米勒研究与开发军事装备。《幻痛》中依旧是“钻石狗”的首席科学家，并拥有自己的私人实验室。

奇科（Ricardo Valenciano Libre） 配音演员：Antony Del Rio、 井上喜久子 通常被称为Chico，在西班牙语中意为小男孩。少年兵，是 哥斯达黎加地方民兵反抗组织"桑地诺民族解放阵线"的一员。有一个叫做阿曼达的姐姐，而他的哥哥则是当地反抗军的头目。