时间为203X年。在涩谷发生警备机器人失控事件。公安总务课的刑警，中村奈绪委托探侦・明智小五郎解决事件。但是，明智已经带领少年侦探团的井上了急速前往机器人的制造厂“日野重工”。另一方面。团员花崎健介从同样是团员的技术担当，野吕诚那里得到协助，穷追着搜索着的迷途犬直到废弃建筑。于是，花崎的前方，谜之少年小林芳雄出现了。

警备机器人暴走事件的犯人是怪人十二面相。不过，明智也可惜错过了。日后，少年侦探团的原依赖人来了。想调查一下恋人秘密写的恐吓信是写给谁的。接受委托的侦探团监视恋人。那时，肚子饿了的小林擅自用了没能还回给花崎的钱包。靠电子货币的使用历史得知此事的花崎，再次邀请小林加入侦探团和一起调查，但……

只要有花崎在就能去死了……这样想的小林加入了少年侦探团。在那里，对他来说的第一个委托人来访。因为无业的儿子失踪不明而想寻找。于是侦探团出动，从中村刑警和其部下宫西琢巳那里得到失踪者的关联资料。中村他们似乎对一直受到照顾的监察医生的失踪感到苦恼。调查刚开始，因极端不擅长交际而与井上和野吕起冲突的小林从大家身边逃走了。

上完课的井上，似乎有意地注视着网球部的胜田雅治到放学。花崎科学实验部的大友久和山根祐一起来试用侦探团使用的七个工具。这时，翻转的警车被发现了。从车内找到写着“给明智君”的胶卷，而应该在车里的巡査长却消失了。胶卷里说直到21点前如果找不到巡査长的所在地的话，他的性命就没有保证，并且放映出二十面相的身姿……

为搜寻巡查长而走进地下水道的小林和井上，被二十面相的策略所困，并被大量的水灌入。井上担心搜查下水道的警官们而说道“因为下水道的整体图被偷换成假的，传达避难的消息”。然而只有小林逃走了。但是，警官们也被幽禁在下水道中。赶去营救的花崎受到原少年侦探团的胜田的支援，一同前往下水道。可是，在那期间井上逐渐淹没于水中。