内设机构

保护区管理处下设办公室、科研生产管理科、资源保护管理科等3个内设机构。

办公室

负责本处日常行政事务工作，包括文件的起草打印寄发、有关来文收发登记；档案材料的归档管理；印章管理；接待来访人员和对外联系工作；后勤和实物保管和承担防城港市金花茶管委会的日常事务工作。

科研生产管理科

负责起草本处的总体规划、中长期计划和生产年度计划；制定科技计划、报送落实、组织实施科研项目，制定各个生产岗位的月工作计划，并组织实施和监督验收；做好金花茶苗木繁殖培育和金花茶物种基因库的建设和管理；搞好金花茶合理开发的横向联系和实施。

资源保护管理科

负责组织开展在辖区的金花茶保护的宣传教育，协调社区关系工作；负责做好保护区生态公益林管理工作；做好防城港市辖区的金花茶资源及其生态环境的保护；对防城港市辖区的破坏金花茶资源或其生态环境案件的依法处理；负责本处的金花茶物种基因库的保护工作和保护区宣传牌、界桩等有关宣传标志的管理工作；搞好管理处办公区和防城生活区周围的社会治安工作。

建立保护区的意义

保护区内的金花茶是世界上稀有的珍贵植物，是《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录II的植物种，属国家一级保护的野生植物，是我国宝贵的种质资源，在茶花育种和园艺上具有极高的科研价值和观赏价值，享有“茶族皇后”之美誉。防城金花茶自然保护区是全国乃至全世界野生金花茶组植物的重要分布区及基因库，具有十分重要的保护价值。同时，保护区也是一个不可多得的生物多样性的资源宝库，为植物学、森林学、生态学、环境科学、动物学等学科上有十分重要的科学研究价值。