2009年2月，随着上海市委、市政府“5+3+1”项目工程的正式启动，拥有百年历史的“医疗航母”——上海市第六人民医院再次起航。9月26日，承载着提升浦东周边地区医疗服务能力，优化全市公立医院布局使命的上海市第六人民医院东院、上海交通大学附属第六人民医院东院（以下简称“市六东院”）在美丽的东海之滨、滴水湖畔正式开工建设。

2015年6月，上海市第六人民医院东院作为上海健康医学院直属附属医院进行建设。1

2021年2月3日，上海市第六人民医院东院正式告别独立建制，整建制并入上海市第六人民医院，由此市六医院开启徐汇、临港新片区两院区一体化高质量发展新格局。