细胞系STR鉴定

据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识，因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗灾难性后果……，这浪费大量时间、精力和金钱。

STR（Short Tandem Repeat，短串联重复序列）基因位点由长度为3～7个碱基对的短串连重复序列组成，这些重复序列广泛存在于人类基因组中，可作为高度多态性标记，被称为细胞的DNA指纹。STR已被广泛应用于亲子鉴定、个体识别、司法鉴定、交通事故鉴定、（造血干细胞）移植治疗后嵌合情况监测等领域。

STR基因座位上的等位基因可通过PCR（聚合酶链式反应）扩增区域内重复序列的拷贝数的不同来区分，在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别，随后通过一定的计算方法1，即可根据所得的STR分型结果与专业的细胞STR数据库比对从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。

基本信息

中文名
细胞系STR鉴定
外文名
Cell Line Authentication by STR profiling
背景介绍
细胞系错误辨识或交叉污染
技术项目
人源细胞系鉴定
技术原理
STR(Short Tandem Repeat)
应用
生物医学研究
数据库
需要专业的细胞系STR数据库

背景介绍

据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识4，因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗灾难性后果……，这浪费大量时间、精力和金钱。


Everything was going along fine until they discovered their HeLa cell line expressedYchromosome markers	Cell Biology. Fixing problems with cell lines.Science, 2014.346(6216): p. 1452-3

因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等对此多次发出呼吁，要求研究者对细胞进行鉴定5，如2011年美国国家标准学会专门颁布了一份细胞STR鉴定国家标准11；2014 年12 月、2015 年2 月Science 杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识严重性；2015年4月Nature通知：Nature旗下杂志将从5月开始要求作者鉴定论文中所用细胞系；2015年6月有报道称一科学家由于用错细胞系，撤销Nature论文……。STR基因分型已被ICLAC、ATCC等权威机构作为金标准应用于细胞鉴定，目前越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分型数据。细胞系STR鉴定——及时发现您的细胞是否被交叉污染或错误辨识。

细胞系STR鉴定相关重量级报道

鉴定时间

1、发表文章或申请课题经费前；

2、使用细胞进行临床治疗（试验）前；

3、准备冻存保种或已冻存多年的细胞；

4、一个涉及到细胞试验项目开始/结束时；

5、新得到的细胞或实验室培养5代以上的细胞；

6、细胞系表现不稳定或结果与预期差别较大；

7、异体细胞移植后嵌合情况检查。

期刊

Nature;
BioTechniques;
Cancer Research;
Cancer Discovery;
Clinical Cancer Research;
Molecular Cancer Research;
Cancer Prevention Research;
International Journal of Cancer;
Molecular Cancer Therapeutics;
Cell Biochemistry and Biophysics;
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention;
In Vitro Cellular & Developmental Biology – Animal;
......

常用的21个STR位点名称：
D5S818	D13S317	D7S820	D16S539	VWA	TH01	TPOX	Amelogenin（性别位点）
CSF1PO	D3S1358	Penta E	D2S441	D2S1338	Penta D	D10S1248
D19S433	D21S11	D18S51	D6S1043	D8S1179	D12S391	FGA

参考资料

1
Masters, J.R.W. et al. Short tandem repeat profiling provides international reference standards for human cell lines. PNAS (USA) 98, 8012-8017ResearchGate
2
Characterization and Authentication of Cancer Cell LinesSpringer Link
3
细胞STR鉴定——及时发现您的细胞是否被交叉污染或错误辨识生物谷
4
Cell Biology. Fixing problems with cell linesScience
5
Line of attackScience
6
Cell-line authentication: End the scandal of false cell linesNature
7
Human cell line authentication: the critical first step in any project using human cell linesSpringerLink
8
Announcement: Time to tackle cells’ mistaken identityNature
9
Cell line misidentification: the beginning of the endNCBI
10
Editorial, It is time for all involved to tackle the chronic scandal of cell-line contaminationNature
11
Authentication of Human Cell Lines: Standardization of STR ProfilingANSI