初遭遇体（名字不详）作中故事开始的10年前出现的巨大怪物体，样子酷似土偶。其他不详。

铁路怪（レイルローダー/Railroader）登场：第1~2集台译“铁路装载者”。出现于栃木県，黑色粒子附着在截路机和水箱而诞生的巨大怪物体。体长约30m。被E6、E7制服后，在东日本指令室格纳库被工作人员解析过程中突然复活，后被E5消灭。

疯狂菲利斯（マッドフェリス/Madferris）登场：第2话黑色粒子附着在福岛县的废弃游乐园的游乐设施后诞生的巨大怪物体。体长约50m。攻击方式是摩天轮的座舱发出的全方位光线攻击，和下方主炮的强力炮击。其防御力可以抗下E5的剑。※ferris wheel，摩天轮

冰树怪（フロストツリー/Frost Tree）登场：第3集宫城县名取市、仙台-白石藏王之间的隧道附近出现的冰人型怪物体。雪中战斗，用冰雪作伪装，利爪喷射出去攻击对手。胸口内部的温度高于周围，是其动力源所在。

冰树怪 II（フロストツリーⅡ/Frost Tree II）登场：第4集Frost Tree的强化型。双手持有冰剑，两肩装有炮台，口中吹出让一切冰冻的气息。可以让其身边周围的温度下降到零下80℃以下。其动力源由胸部转移到了头部。

火蜥蜴索拉（サラマンダー・ゾラ/Salamander Zola）登场：第36集、第39集、第40集和【キトラルザス】一样居住在地底世界的生物【クレアツルス】的一种。攻击方式是从双肩发射出的高热光线攻击。

巨龟怪（ヒュージタートル/Huge Turtle）登场：第43集从恐龙生活着的白垩纪晚期幸存下来的巨大龟类，和アーケロン形似。与迄今为止的巨大怪物体不同，不是现代人类社会的产物巨大化的怪物，而是来自地底世界的生物【Creatsurus クレアツルス】的一种。

陆地火蜥蜴（テレストリアル・サラマンダー/Terrestrial Salamander）登场：第46、47集第46集登场的敌人，是地底世界的生物【クレアツルス】的一种，第36集登场的サラマンダー・ゾラ的另一类个体。通过黑色货物列车搬运来到人类居住的地面世界。

恐怖食人花（ホリッドブロッサム/Horrid Blossom）登场：第48集第48集登场的敌人。全长60m。通过漆黑货物列车搬运来到地面的【クレアツルス】之一。它的样子让人联想到中生代的原始的被子植物。弱点“核心”隐藏在体内。操使出能让新干线战士的武器溶化的强力粘液攻击，让人难以接近。

翼龙怪（ディノウイング/Dino Wing）登场：第52集第52集登场的敌人。全长50m。通过漆黑货物列车搬运来到地面的【クレアツルス】之一。外貌像翼龙。可分为尾巴带有正电极和负电极的两种个体。两头合作在地面上释放超高压电流从而支配场地，阻止新干线战士的运行。

巨大玄武（巨大ゲンブ）登场：第12~13话、第42话、第44话、第58话首次现身于东京车站附近，敌人特工·玄武吸收了漆黑新干线释放的黑色粒子而巨大化的姿态。通过先前的巨大怪物体收集了战斗情报，E5的必杀技“Grand Cross”在内的一般攻击都对其无效。每次受到攻击时防御力都会得到提升。

巨大白虎（巨大ビャッコ）登场：第38话、第40~44话、第58话敌人特工·白虎吸收黑色粒子后的巨大化形态。使用长剑为武器，亦可以变成长鞭攻击敌人。

巨大朱雀（巨大スザク）登场：第59话敌人特工·朱雀吸收黑色粒子后的巨大化形态。擅长用火焰攻击。

巨大虎目（巨大トラメ）登场：第49~50话、第58话、第62、63话敌人特工·虎目吸收黑色粒子后的巨大化形态。外形像犀牛，有5条长着蛇头的尾巴，可以发射光束攻击。有着坚硬的盔甲，其蛮力在种族也是数一数二。不过脑袋不太好使。

巨大苍玉（巨大ソウギョク）登场：第62、63话敌人特工·苍玉吸收黑色粒子后的巨大化形态。使用一把大刀为武器，劈砍威力惊人。※实质上只是苍玉着驾驶的机器人。

王者使徒怪（キングシトエル/Kingangelael）登场：第31集出现在静冈县热海站附近的巨大怪物体。不同于以往的巨大怪物体，这是出现在别的世界的模样。能够展开如同人类心灵屏障般坚固的“AT力场”，让有所的攻击无力化。※EVA联动集登场，其造型是由《福音战士新剧场版》前2部登场的使徒们合体的强大的巨大怪物体。

量产型黑色新干线战士（ブラックナンバーズ）登场：第68、69集新敌人麒麟派出的仿“漆黑新干线”部队。除了骷髅头外，外表同黑色新干线战士，同样使用多种武器（不过是银灰色），熟练各种战术。

冰雪哥斯拉（）登场：剧场版

ヴァルドル登场：剧场版"ヴァルハラン"以侵占新的星球为目的而开发的机械兵器。其性能被谜团包裹着。