背景

17世纪初的日本，已大体落入德川幕府的控制。在对外交流方面，原本由葡萄牙人长期控制的贸易渠道也面临多元化挑战。

尽管丰臣秀吉在1578年就取消了葡属长崎的自治地位，但每年到访的大帆船却依然是日本最重要的对外交流管道。葡萄牙商人不仅将香料等南洋商品输入东瀛，也不忘为当地大名提供军火和明朝产生丝。这样的多边贸易不仅对当地人有利，也巩固了澳门和马六甲的两地繁荣。但与日俱增的耶稣会和基督徒数量，也始终被日本当权派视为不可控因素。

长崎在德川时代依然是日本最重要的港口

此时的南洋地区，已成为荷兰与葡萄牙这两大势力的战场。前者经常利用本地反抗者支持，集中力量围捕那些分散航行的葡萄牙商船。稍后，他们更是与英国人一起登陆，成功在日本建立了稳定外贸联系。就连作为葡萄牙宗主的西班牙人，也会从马尼拉派船去到日本，以南洋商品和美洲白银作为自己的敲门砖。

同时，部分日本商人也拿着幕府执照下南洋贸易。他们乘坐的朱印船可以通过澳门，直抵暹罗与高棉等地。结果，葡萄牙商人的优势地位，就被对立的以上三国所共同稀释。

幕府派往南洋的朱印船

1608年时，就有1艘日本商船因天气问题而滞留在澳门。因为先前的倭寇风波与两国交兵，让明朝地方官对这些人特别忌惮。加上日本水手在澳门闹事，并打伤了前去处理的葡萄牙管事，澳门的葡萄牙人也决定收缴日本海商的武器，对他们进行控制。鉴于岛上当时还没有常设总督，临时停靠的帆船船长就会兼职担任最高长官。圣母号大帆船的安德烈船长，就奉命前去执行这项任务。在日本商人武力抗拒后，他下令纵火焚烧对方暂住的房屋，并因此造成27人死亡。余下的50人也被迫签下免责协定，才被允许重获自由。这就为圣母号在后来所遭遇的不幸面下伏笔。

1609年5月，圣母号自己也从澳门出发，前往长崎进行贸易。经过漫长的航行，他们通过了随时可能有荷兰伏击船只出没的台湾海峡后，有惊无险地抵达了日本。此时，已经是1610年的1月。

经典的澳门-长崎航线

由于荷兰东印度公司的捣乱，他们已经有2年没有光顾那里，因此囤积有大量的滞销货物。这让他们需要比过往停留更长时间，以便一次性将三年的贸易份额完成。但坐镇海港的大名有马晴信，还是因当年的受害者告状和德川幕府给出的指导意见，准备对安德烈的船只动手。他调动33艘船只和1200名士兵，准备在夜间占领敌船。

为了能不战而屈人之兵，有马晴信曾邀请安德烈到自己的府上拜会，也有过要求派人上船检查商品。但船长已提前通过当地基督徒而获得消息，并准备尽快离开这个是非之地，但终究慢了一步。人员上，葡萄牙方仅有80名葡萄牙人和一些非洲人，东印度水手，但占有军事技术优势和更丰富的海战经验。

经过

由于缺乏风力 圣母号实际上被困在了长崎湾

1月3日，首批日本军队正式动手。鉴于葡萄牙大帆船的高耸、坚固和火力优势，他们故意避开白天行动，转而在夜间慢慢靠近。然而，用于照明的火把还是暴露了行踪，让安德烈的船员已经有所准备。直到最后时刻，坐镇后方的有马晴信还给当地耶稣会传教士写信，表示自己动武的原因。安德烈船长也拒绝手下的优先开火建议，尽最大可能避免冲突爆发。直到日本足轻的火枪开始向船上射击，才被迫下令船员进行还击。

由于双方靠得非常接近，少量葡萄牙火炮在射击后都没有时间进行再次填装。船员就只能以火枪和小型铁炮据守，直面大量的弹丸和箭矢。尽管日本船只尝试分头行动，但都因噪音和火光而被看的清清楚楚。安德烈指挥数十名船员两头奔波，不停的以枪炮射击对手，才迫使日本人暂时放弃登船。有马晴信则认为自己的作战计划已经失败，只是迫于德川幕府给出的最新命令，才坚决对圣母号继续进行围攻。

1月4日晚上，2名日本武士企图偷偷潜上船。他们授命前去刺杀匪首安德烈船长，却因为事情败露而没有获得成功。随后，又有死士准备从水下割断圣母号的锚绳，让大船顺着海流撞上岸边的礁石。但因动静太大而没有逃过船员警惕，继而被居高临下的火枪射击所阻止。等到天亮，这一晚的偷袭就以彻底失败而告终。

1月5日，有马晴信又让人准备释放火船。但黑暗中的操作依然十分显眼，以至于被大帆船的火炮和船员所共同阻止。除了有1艘火船撞击到锚绳，再也没有任何命中记录。

圣母号靠着微风帮助 一度离开原先的锚地