突然变异诞生的新人类露西，因某研究设施作为研究对象被拘留了，偶然拘束被解除了，警备员们向全裸戴面具的露西追，反遭露西杀戮，露西向设施逃出，向大海走去被枪打到头部沉入海底。另一方面，大学入学的原因，青梅竹马居住的城市，去镰仓来的大学生耕太，在海岸边与不说话的不可思议的少女邂逅。

因妹妹的遗物贝壳被妮悠打碎了，妮悠被耕太赶家去，在夜晚海滩上寻找贝壳，耕太由于担心妮悠出来寻找妮悠，妮悠被派遣的特殊部队的坂东发现，妮悠的记忆苏醒变成了露西。露西对特殊部队的枪械攻击无效并大开杀戒，因大脑受刺激的露西再次变回妮悠。

耕太在给被雨淋湿的妮悠换衣服的时候，被由香看到了，慌慌张张的辩解，生气的由香冲出家门。那个时候，研究所藏间和娜娜会面，好久没见藏间的娜娜很高兴，藏间将娜娜的抹杀拜托给了娜娜。无意见在家里看到八音盒的妮悠，唤醒了曾经的记忆，走出了家门，却碰到了娜娜…

娜娜遵守了藏间的约定，与露西起了冲突。但是，露西说服娜娜无视那个场合打算走开，突然露西的行动被娜娜控制，为了救无意出来的真由，娜娜被露西切断双手双腿，在露西要杀死娜娜时，被赶来的藏间等人阻止，娜娜也被送回研究所。

枫庄的早上，去房间叫醒真由的由香，发现了真由留下的纸条，真由一个人在大街上流浪，想起曾经的往事，而耕太等人也在寻找真由，在警察的帮助下终于找到真由，被耕太带回家，由香拿出蛋糕，同时真由想起今天是自己的14岁的生日，不禁流泪。