本能寺（Honnoji Temple），位于日本京都府京都市中京区，建于1415年，是一所佛教寺院。

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寺院的教派是法华宗本门流，本尊是日莲曼陀罗本尊，曾经多次因为大火而被烧毁，其中包括了1582年明智光秀向织田信长谋反的事件，史称本能寺之变，在1864年因为禁门之变被废寺达百多年。

重建的本能寺与原址不同，近年发掘的一所旧学校（本能小学校）是本能寺的原址1。