历史沿革

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有传说说到1716至1746年，六世达赖喇嘛仓央嘉措在贺兰山弘法，1756年仓央嘉措的心传弟子阿旺多尔济遵师傅遗愿，修建了南寺，但是清史稿中有记载【桑结（是他隐瞒5世达赖的死15，也是他寻找到5世达赖的转世灵童即六世达赖仓央嘉措）忌策妄阿喇布坦尽收准部故地，致噶尔丹无所归，奏防其猖獗，而策妄阿喇布坦亦奏第巴奸谲，及所立新达赖之伪，欲藉词侵藏。圣祖以二人皆叵测，不之许也。

四十四年，桑结以拉藏汗终为己害，谋毒之，未遂，欲以兵逐之。拉藏汗集众讨诛桑结，诏封为翊法恭顺拉藏汗，因奏废桑结所立达赖，诏送京师。行至青海，道死，依其俗，行事悖乱者抛弃尸骸（乱抛尸骸就是天葬的意思）。卒，年二十五。时康熙四十六年也。论者谓达摩创法震旦，有一花五叶之谶，至六世启衣钵之争，故六祖不复传衣钵，与宗喀巴至第六世达赖之事若一辙。天数所极，佛法不能违，而况第巴诈伪出之，以尊己擅权，卒酿拉藏汗、准噶尔相寻之祸。

相关典故

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解放前曾经的「代管历史」与解放後一段时间的「管辖」，使阿拉善和宁夏有著一定的「血缘」关系，八百多年前，强大的西夏王朝军队在向西扩张的过程中，翻越了贺兰山，在山麓西面的阿拉善开始了军事和宗教以及文化的多重散播，使西夏所尊奉的藏传佛教在这里打下了存活与蔓延的基础；二百九十年前，这里的第一世喇嘛坦阿旺伦珠达尔吉（又名阿旺多尔吉）出生在附近的厢根达来巴嘎匝布苏尔乌苏；次年，六世达赖喇嘛来到这里，确认了坦阿旺伦珠达尔吉为他的转世灵童，这是藏传佛教宗教领袖在中国领土上最东边的一个转世灵童；二百八十六年前，六世达赖喇嘛选择在这里建寺弘法，由此诞生了藏传佛教在我国最东边的达赖弘法之地。这就是建在贺兰山主峰巴音松布林西北侧群山环抱中的南寺。如今，这里进行重新扩建後，恢复了它昔日的繁荣与华盛，吸引了藏汉蒙各地的大批信徒与游客。

寺规教条

南寺所处之地为十六罗汉被迎请至汉地时做过夏安居之地而被记载于有关经书中。

最能印证这些记录的，并不是汉族的史料，而是诸如五世达赖喇嘛的《十六罗汉礼供》，六世达赖喇嘛的《阿拉善神祭供》以及章嘉国师若必多吉为南寺所写的寺规《三学昌盛日光》（现藏南寺）中都记载著十六罗汉在此地做夏安居和达摩达喇为十六罗汉献供养的情景。也有人指出，南寺因为处在贺兰山西麓，背倚著一百九十多年的西夏王朝，尊奉藏传佛教的西夏党项人当初就在这里曾经建过佛寺。据《六世班禅洛桑巴丹益希传》中记载，第二代葛根（活佛）罗桑图布丹嘉木苏，当地人称「温都尔葛根」，於一七六九年，曾经谒见过班禅巴丹益希，这是南寺作为圣地而名扬佛教界的一个原因。

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一八六九年，南寺在「同治动乱」中曾遭受过一次重大损失，除时轮大殿和金刚亥母殿以外几乎所有的庙宇被放火焚烧，大批财物被抢去。随後的一场大火，使这里承受了重创，僧人们冲进火海，把六世达赖喇嘛肉身、金刚亥母像、《甘珠尔》经等抢救出来，搬到山崖险处隐藏起来。之後，由於殿堂被烧，无处安置达赖喇嘛法体，就送到衙门寺医药殿暂时供奉。

从清光绪年间开始，这里逐步修复和重建了寺院的殿堂、庙仓，恢复了各种法会活动。但衙门有人主张把全旗最神圣的灵物六世达赖喇嘛遗体应在延福寺内造塔供奉，不必再送往南寺。此时且还俗娶妻的南寺第五世葛根（三爷葛根）、阿拉善第七代礼萨克贡桑居尔木德之三子嘉拉参旺吉勒据理力争，并强令南寺僧人把六世达赖喇嘛遗体迅速迁至南寺供奉。

宗教传记

「花开了，一个季节已然遁逝/蜂儿呀，不要为此焦虑/缘尽了，一场经历走进记忆/姑娘呀，不要心烦意恼/享受过密意浓情/人生即便短暂瞬逝/我们有什麽可遗憾的？来生来世，我们还能相逢吗？．．．」这是六世达赖喇嘛离开西藏时写下的著名的《情歌》，这位藏族历史上的情帝与诗皇，二十四岁时被押解离开西藏前往内地，他给藏族历史上留下的不仅是一个达赖的席位与面对清朝皇帝的无奈，也留下了诸多忧伤也优美的诗歌，更为南寺这样一个美丽而神奇的地方留下诸多历史与宗教的内涵。

他初次来阿拉善时，就认阿旺多尔济做自己心传弟子，当时阿旺多尔济尚在年幼，成年後又把他派去西藏深造，他在此期间还担任安多藏区十三座寺院的堪布，忙於重建被讨伐罗布桑丹津叛乱中清朝著名的军事将领年羹尧率领的清军所焚毁的甘肃天祝的石门寺。阿旺多尔济从西藏回来後，仓央嘉措又派他去建造青海省乐都县境内的马营寺。这可能是仓央嘉措对阿旺多尔济的一次考验。

民间故事

当地的说法是，仓央嘉措把建南寺的遗嘱留给阿旺多尔济後，於一七四六年圆寂。同年阿旺多尔济遵其师父嘱托再次入藏做善事，并受了七世达赖授予的「阿日路克桑额尔德尼诺门汗」的封号和布达拉宫顶朗杰札仓的堪布称号。

回来後选认了仓央嘉措的转世灵童，并做了十年的准备工作，於乾隆二十一年（一七五六年）开始破土动工，把原来的弥勒庙扩建成九间，修建了四十九间大经堂和庙仓。第二年，六世达赖的灵塔也被请到这里，专门修建一座大殿供奉，并把仓央嘉措的转世灵童，十一岁的罗桑图布丹嘉木苏请来在新的经堂里坐床，并举行了隆重的开光仪式。南寺因此增色不少。