中国科学院微生物研究所（Institute of Microbiology ,Chinese Academy of Sciences，简称微生物所）由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立，是一个具有雄厚研究基础和广泛影响力的微生物学研究和微生物技术研发机构。现任党委书记王丽萍、所长钱韦12。
根据2022年12月官网显示，研究所设有微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌学国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室5个重点实验室；有在编职工近500人，其中中国科学院院士5人；设有生物学和基础医学2个博士后流动站，在站博士后115人，在读博士和硕士研究生500余人；设有生物学、基础医学和药学3个一级学科，包括微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学等7个二级学科专业博士、硕士学位研究生培养点；设有生物与医药专业硕士学位研究生培养点1。
研究所前身为1953年1月成立的中国科学院植物所真菌植物病理研究室；1958年12月3日由应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立微生物研究所3。
2019年1月31日，中国科学院微生物研究所违规开展转基因棉花中间试验，被河北省农业农村行政主管部门依法销毁转基因棉花材料并责令整改4。
机构简介
中国科学院微生物研究所于1958年12月3日由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。40多年来，研究所已发展成为我国微生物学研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构
。现有在职职工人数290余人，包括中国科学院院士5人，专业技术人员240人左右；在学研究生300余人及部分客座流动人员。以微生物所第一任所长 戴芳澜院士以及 邓叔群院士、 阎逊初院士为代表的老一辈科学家，是我国 真菌学、 放线菌分类学的 创始人和 奠基人，他们的研究成果和经典著作至今仍在微生物学界具有很高的权威性；以 方心芳院士为代表的老一辈工业微生物学家为我国微生物发酵产业作出了奠基性贡献。多年来，我所科学家在植物病毒、医学与动物病毒以及免疫学研究方面在国际国内做出了自己的特色，颇有造诣。
发展目标
根据中科院创新试点工程的要求和微生物所的长远发展目标，确定了以 微生物资源、 工业与应用微生物、 病原微生物与 生物安全及免疫为主要研究领域，旨在建立从 资源开发、 技术创新到成果转化的研发体系，努力为提升我国微生物产业创新发展能力做出基础性、战略性和前瞻性贡献。
研究资源
研究所拥有微生物资源前期开发国家重点 实验室、 植物基因组学国家重点实验室（与遗传与发育生物学研究所共建）和中国科学院真菌、地衣系统学重点实验室；设有微生物资源、能源与工业生物 技术、微生物基因组研究、 环境生物技术、微生物代谢工程、分子病毒和分子免疫等研究中心和一个为科研服务的技术与信息中心。拥有亚洲最大的具有40万号标本的菌物标本馆和一个国内最大的具有17000多株菌种的微生物菌种保藏中心，是 世界知识产权组织批准的 布达佩斯条约国际保藏单位。同时还有一个藏书6万余册的专业性图书馆。
所获成就
40多年来，研究所共获省部级以上科技奖170项，其中国家奖29项。发表论文3000余篇，其中SCI论文250余篇，包括国际顶级学术杂志《Cell》和《Science》等，出版专著100余部；申请专利100多项，授权62项。
90年代世界上第一篇“ 系统遗传学（system genetics）”概念与术语和世界上第一篇转基因禽类输卵管 生物反应器（oviduct bioreactor）论文。中国最早引进质粒、DNA合成与测序仪、mRNA差异显示仪的生物技术实验室，参与组织96年第一届国际 转基因动物学术研讨会引入系统论方法的生物技术研究，也是90年代国际上最早论述生物系统论和实验、计算与工程方法整合的生物系统、人工生物系统研究 - 现代 系统生物学概念的实验室，国际 系统生物学、 合成生物学兴起于21世纪初。
相关单位
在微生物研究所挂靠的单位有 中国微生物学会、 中国菌物学会、 中国生物工程学会。微生物所和上述有关学 会编辑出版的学术刊物有《微生物学报》、《微生物学通报》、《菌物学报》及《生物工程学报》。
学术委员会
学术委员会
主任： 方荣祥 副主任： 刘双江、 东秀珠
学位委员会
主席： 谭华荣 副主席： 庄文颖
委员：
方荣祥 车永胜 东秀珠 田波 庄文颖 刘双江
