车站构造

车站楼层

本站共四层。地面为燕岭路、燕兴路及附近住宅楼等建筑，地下一层为站厅层；地下二层为六号线站台层；地下三层为换乘平台层；地下四层为三号线站台层。

站厅

与车陂南站站厅一样，燕塘站站厅呈“T”型分布。为了不影响燕岭路交通以及车站埋深影响，站厅位于燕兴路与燕岭路交界地底，即3号线站台北侧部分上面。为了方便行人进出，收费区设于站厅中东侧，周围为非收费区包括行人通道以及车站商店等。站厅收费区范围亦设有多组专用电梯（升降机）、扶手电梯以及楼梯供乘客来往不同线路的站台。

另外，本站与3号线北延段各车站一样，在站厅处亦设有航班查询方便前往机场登机的乘客。

商店及自助服务

受车站站厅影响，燕塘站仅有一家便利店。站内亦设有“好易”机，可充值羊城通，缴纳水电费以及交通罚款等服务。

月台以及换乘

本站3号线设有一个岛式月台，其中北端为明挖部分，可以通往换乘层，南端是暗挖部分，位于燕兴路与燕岭路交界地底。6号线亦设有一个岛式月台，位于燕岭路北侧，与3号线垂直，6号线在上，3号线在下。其中本站的公共洗手间以及无障碍洗手间设于6号线站台东端。

两线月台之间通过换乘平台换乘，惟因客流组织的需要，6号线换乘3号线可通过换乘平台直接往下换乘，3号线换乘6号线则需要绕经站厅。但乘客亦可通过贯通本站四层的升降机进行更为直接的换乘。

另外在本站设计中，受制于车站长度和埋深，无法设置从站厅直达3号线站台的扶梯，若需要乘坐3号线，则需要从负一层的站厅开始，乘搭三段扶梯，路经负二和负三层辗转来往位于负四层的3号线站台。同时负三层往负二层的扶梯没有直接连接，在负三层需要上数级楼梯才能上扶梯。部分市民因此认为地铁在设计方面细节未能做好。

两线月台上的书法字也有所区别，3号线在焗漆板上采用由叶根友制作的书法大字，6号线在玻璃板上采用华文行楷电脑书法字。

出入口

燕塘站共设有3个出入口，三个出口相隔不过百米，且都在燕岭路北面。前往燕岭路南面则需要通过市政行人天桥。但因天桥设计问题以及桥上乱摆买的现象，给市民出行带来不便。所以有市民呼吁增加通往燕岭路南边的出口，但地铁方面称若兴建横跨燕岭路的地下通道，受制于燕岭路下方的地质条件，施工风险极大，期间将会严重影响甚至瘫痪燕岭路的交通；同时B出口附近已设有市政行人天桥可供市民横跨燕岭路，再增建出口则会功能重叠，造成资源浪费。市规划局则称会考虑对该行人天桥进行改造，令使用更为方便，然而改造却不了了之。

邻近车站

燕塘站是3号线北延段和6号线的中途站，亦是两线的换乘站。乘客可在此站换乘，往返新白云国际机场、广州火车东站、金沙洲、广州科学城，荔湾区、越秀区、天河区、白云区和黄埔区各地。