谷风长道（谷风 长道（たにかぜ ながて），声： 逢坂良太） 本作主角，曾与爷爷两人一同居住在希德尼娅最下层(地下)。在爷爷死後经过3年，储藏的粮食已经一无所剩，因此违背爷爷的遗言来到上层部。上层部是与无人的下层部迥然不同的居住区，长道因为从粮食库中偷米而遭到逮捕。随後在希德尼娅舰长的庇护下，成为卫人操纵士的第628期训练生。出生等相关来历被当作极机密处理，只有极少部份的人才知情。 与现在的希德尼娅人不同，无法进行 光合作用，因此需要频繁的摄取食物。另一方面，拥有惊人的自我治愈能力，就算身陷濒死的重伤或是意识不明等状态，也可以自己恢复。 在训练生时期就被付与历史名机「继卫」，并且作为继卫的专属操纵士进行实战。在战斗时拥有优秀的判断力与行动力，虽然有点专断独行，但却能获得许多战果，因而成为希德尼娅的王牌，机体编号为「704」。 真实身份是为了在上次与奇居子的战争「第四次奇居子防御战」中的英雄齐藤广树，在14年前依照舰长小林的指示所制作的换装用复制人。由於经过基因改造，并不需要像不死船员会的成员一般需要使用药物，与生俱来就不会老化。广树并不认同为了自己换装而存在的复制人，将成长途中的长道夺走後，逃到居住区之外，随後长道就这样被广树所养育长大。 从小就由广树教授卫人操纵士所需的技术，6岁的时候在假想训练装置上的记录就已经超越了作为师父的广树。因为除了不死船员会的成员之外，不死是不被允许的，所以被加上了生还率相当低的对奇居子战斗需要全部参加的严苛条件。由於小林是少数知情的人士，所以给予了许多帮助，但是长道本人并不知情。 因为长时间与广树两人过著与世隔绝的生活，所以完全没有在希德尼娅上所需的基本知识，个性也如同小孩子一般纯朴。并没有与同年龄的同性及异性交流的经验，所以对他人的心情有点迟钝，一直都不擅长注意他人的心情。但却是只要夥伴一陷入危机後，就会奋不顾身的前去救助的勇敢之人。

星白闲（星白 闲（ほしじろ しずか），声： 洲崎绫） 第628期卫人操纵士训练生副代表。与长道同时被任命为正规操纵士。机体编号为「702」。 在长道上到上层部之後，屡屡与长道相会。在颖剌回收任务时，由於奇居子攻击导致机体暴走，无法自己回到希德尼娅。虽然长道在得知後前来救援，但是两人却不得不一起渡过好几天的飘流生活。但是星白也因为这件事，而对长道产生好感，并且开始加深彼此的关系。 在讨伐连结型奇居子的时候，为了拯救被岐神所陷害的长道，遭到奇居子捕食而战死，长道也因为这件事在心里留下了深深的伤痕。 胞衣星白 奇居子藉由胞衣重现的星白，不只外表连内部也一起被重现，在构造上与人类相同。而且几乎连同星白的记忆与人格也一起重现，因此只对长道有反应。到目前为止有2个个体被保存在希德尼娅中。其中一个是在破坏气体行星时所出现的卫人型奇居子（奇491），由长道切离後回收，後来交给岐神开发作为融合个体的母体。另一个则是在行星九号救出侦察部队的时候，侵入到长道机体驾驶舱中的红天蛾（奇490），之後遭到隔离的胞衣个体，在破坏本体之後受到保存，也曾经考虑与之前的个体一样，要做为母体来使用。但目前正被东亚重工严格保管中。

科户濑伊札那（科戸瀬 イザナ（しなとせ イザナ），声： 丰崎爱生） 卫人操纵士训练生，比长道稍晚被任命为正规操纵士，机体编号为「723」。 长道开始在上层部生活後的第一个朋友，伊札那是被称作「中性」的两性具有者，长相也很中性。虽然所穿的制服较接近女用（穿著的是代替裙子的裤裙），使用的却是男用更衣室（有隔间板）。具有为了夥伴挺身而出的勇气，以及温柔的优点。 在战斗的时候失去了右手与左脚，但是以生体再生太浪费时间为理由，改装机械式的义手与义足。在刚改装义肢的初期，常常因为调整的关系，捏爆长道的手臂，之後变得能够灵活的操作10根手指的义手。 看到把长道当作异性看待的星白与绿川缬之後，有著复杂的心情。与追求长道的绿川缬常常发生争吵，但是大木头的长道却没有发现两人的争风吃醋。 之後与长道在外周壁的家中同居，在行星「九号」被长道救回之後，身体开始女性化。

绿川缬（绿川 缬（みどりかわ ゆはた），声： 金元寿子） 卫人操纵士训练生，在长道被任命为正规操纵士的时候，途中编入成为第628期训练生，是赤井班中绿川（後述）的妹妹。 对於替哥哥报仇的长道感到兴趣，虽然常常采取露骨的大胆行动接近长道，但是下场通常都是碰壁。把与长道亲近的伊札那视为情敌。 由於适合性非常高，被破例由操纵士训练生拔擢为副司令官（司令补），在舰长之下指挥对奇居子的战斗，往往需要面临严苛的选择，由於任务的需要必须一直注意奇居子的位置，所以特别订做了一个付有雷达画面的携带型装置来使用。 因为司令部拥有相当高的权限，所以住进了长道在一般船员无法居住的外周壁的家。 另外，绿川缬还有制作塑胶模型的兴趣，常常跑到模型专门店买东西。

在人工羊水中急速成长的11名 复制人姐妹，全员都是卫人操纵训练人。虽然外表的年龄与智慧与其他训练生相同，但是实际上的年龄只有5岁左右。由於是复制人的关系，因此全员的长相全都一样，让别人无法分辨。或许是经过基因改造，拥有相当高的体能，後面更增加到22名姐妹。 在动画中所有人的声优都是由 喜多村英梨所担任，在声音上只有稍微加上一点点变化。 仄焰（仄 焔（ほのか えん），声： 喜多村英梨） 卫人操纵士训练生。仄姐妹的长女，姐妹中的训练成绩最为优秀（卫人假想训练得到仅次於岐神、星白的第3名）。与长道同时被任命为正规操纵士，机体编号为「703」。 还对船内不习惯的长道在迷路闯进女子光合作用室（更衣室）的时候，曾经遭到仄焰肘击脸部而昏倒。仄焰在讨伐连结型奇居子的时候身负重伤，後来才复元。随後又将迷路闯进女子光合作用室的长道，连同门一起踹飞。 仄炼（仄 炼（ほのか れん），声： 喜多村英梨） 卫人操纵士训练生，在焰受伤脱离战线的时候，被任命为正规操纵士，机体编号为「706」。 在仄姐妹中属於对长道较为温柔的人，在长道与焰之间担任负责斡旋的角色。 仄烽（仄 烽（ほのか ほう），声： 喜多村英梨） 卫人操纵士训练生，与炼一起被任命为正规操纵士，机体编号为「705」。 在气体行星被破坏後出现的卫人型奇居子（奇490）与之交战後，与炼进行联合攻击，但是随後战死。 仄炉（仄 炉，声： 喜多村英梨） 卫人操纵士训练生，在卫人假想训练中获得第4名的成绩。 之後似乎也成为了正规操纵士，在小鹅笛攻略战时曾经出现过。 仄炒（仄 炒（ほのか しょう）） 在姐妹中排名第22的妹妹，卫人操纵士训练生。据说在姐妹中也算是非常优秀，但是在实战时情绪并不稳定，初阵就被抓进众合船战死。 随後被众合船释出，虽然生体资料被认定为仄抄，但是身高却高达17公尺。原来仄抄在战死後被奇居子藉由胞衣重现，并保有仄抄生前的记忆与意识。

科户濑由蕾（科戸瀬 ユレ（しなとせ ユレ）） 科户濑伊札那的奶奶，希德尼娅中的科学家，同时担任「外生研」的所长。在100年前提出人口增殖计画的中心人物，准备将仅剩的417名希德尼娅人在100年内增加至50万人。当时为了解决粮食问题，而将人类改造成能够进行光合作用。因为能力受到肯定，而成为不死船员会的一员。

市谷蒂露露（市ヶ谷 テルル（いちがや テルル）） 非武装主义者所制造的人工生命体。 被奇居子消灭的雷姆星系移居者中的唯一生还者，被长道救出後，经过一番波折，现在住在长道家里。 因为是人工生命体的关系，想法非常顽固，常常与周围的人处得不好，但实际上很怕寂寞。 後来被任命为战术巡防舰「水城」的操舵士。

斋藤广树（斎藤 ヒロキ（さいとう ヒロキ），声： 小山力也） 对长道自称为爷爷，目前已经亡故，据长道所说死亡时间为3年前。不过在希德尼娅的官方记录上，17年前就已经死亡。 在6世纪之前与小林、落合、西山一起贯通奇居子的本体部份，随後发现颖剌尖端部份的物质，并取名为颖，是人类史上首次成功讨伐奇居子的记录，小队编号为「3」。 不死船员会的成员之一，并且是「第四次奇居子防卫战」中的英雄。在防卫战末期希德尼娅内部被2只奇居子入侵的时候，驾驶继卫打倒奇居子，但是自己换装用的复制人也遭到破坏，随後拒绝制作新的复制人并且失踪。 在14年前被小林舰长发现的时候，身体已经十分老化。虽然经小林判断并制作新的换装用复制人，但是还在成长途中就被广树夺走还是婴儿的复制人，并逃往居住区之外。 不但拥有相当优秀的卫人操纵技术，肉身实力也相当高强，即使是处於老化的状态，被好几名年青警卫包围也能够轻松打倒警卫。

落合（落合（おちあい），声： 子安武人） 虽然职位不明，但是目前担任像是舰长秘书一样的工作。与舰长的护卫一样身穿黑色西装，但是并没有戴面具。 在舰长成为长道的身家保证人之後，作为舰长的代理人照顾著长道，在长道苦於饥饿的时候，将山菜糯米饭团送给长道。 真实身份为原版落合的复制人，并且移植了原版落合消除记忆之後的大脑。因为拥有落合的大脑，所以是唯一能够使用「落合的辅助脑」的关键人物。

白羽衣紬（白羽衣 つむぎ（しらうい つむぎ）） 使用胞衣星白的卵子，所制造出奇居子与人类融合成功的个体。拥有压倒性的战斗力，在对奇居子战中发挥出惊人的战力。初次参战时被误认为敌人而遭到卫人攻击，在陷入危机的时候，受到长道的救援，因此爱慕著长道。後来透过长道与伊札那及绿川缬构筑友好关系，也因此让紬幼小的心灵获得安定。与人类一样拥有心脏，这里是唯一的弱点。 性格相当温柔，并且礼仪端正。虽然口气像是彬彬有礼的大人，但是幼小的心灵常常觉得寂寞，因此常常跑去找长道。这个时候会将触手伸到遍布於希德尼娅中的老旧管线里，并使用触手的顶端与他人交流。与科户濑家的猫很要好。 目前似乎与长道确立了某种关系。