分子流行病学（molecular epidemiology）是应用先进的技术测量生物学标志的分布情况，结合流行病学现场研究方法，从分子或基因水平阐明疾病的病因及其相关的致病过程，并研究疾病的防治和促进健康的策略和措施的科学。
产生和发展
（一）分子流行病学的产生
1．现代流行病学遇到的难题
（1）在传染病方面
（2）研究个体的发病差异
（3）证实疾病的病因
2．分子流行学产生的基础
（二）分子流行病学的发展
1．研究手段越来越多
2．研究内容越来越丰富
3．应用范围越来越广
特点
（一）与传统流行病学的区别
1．研究的水平不同
2．所解决的问题不同
（二）与分子生物学的区别
1．研究对象不同
2．研究内容和方向有所不同
研究内容