顺治时期

由十七世纪中叶到二十世纪中叶，虽然时有外来势力介入，但一直与西藏政权、历史息息相关的仍是达赖喇嘛政权。而达赖喇嘛政权的建立，达赖五世居功其伟。达赖五世（1617--1682）富有政治才能，公元1643年，他籍蒙古固始汗的兵力打败藏王，统一西藏，建立了政教合一的“甘丹颇章王朝”。然后，又于清顺治九年（公元1652年），到北京朝觐，接受清廷的册封，更加巩固了他的地位。他在世的时候，可以说是西藏文化的黄金时代，不论经济、文学、艺术都有显著的发展，集西藏艺术大成的布达拉宫，也在这时开始重建。

康熙时期

和硕特汗国以藏传佛教格鲁派势力掌握政权。1653年4月，清朝政府正式授予五世达赖喇嘛金印、金册，承认他在西藏政治宗教上的合法地位。1676年康熙十五年，受五世达赖推荐，第二任第巴陈列嘉错之侄桑结嘉错接替罗桑图道担任第巴。桑结辞以年轻为由，未接受，五世达赖乃为之专颁一道法旨，继续推荐。1679年，桑结嘉错就任，是为第五任第巴。

1682年，五世达赖过世（当时西藏与不丹开战），桑结嘉错匿不发丧，诡称达赖坐静闭关，秘不见人，从而继续以五世达赖名义号令西藏、蒙古。他与当时西藏军事首领，蒙古和硕特部的法王关系紧张，因此图谋驱逐和硕特部出藏。他结纳准噶尔的噶尔丹，互相支持，又以达赖名义邀封于中国清朝。1694年，康熙帝封桑结嘉错为“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王”，他于是自称“土伯特国王”，以此与和硕特部的法王拉藏汗抗争，并支持噶尔丹入侵喀尔喀蒙古。

1696年，清朝军队在昭莫多一役痛击准噶尔部。1697年，噶尔丹败亡，康熙帝严诏谴责桑结嘉错。桑结惧，加上不断受到西藏各势力的质疑，并且与准噶尔继任的策妄阿拉布坦对立，乃立仓央嘉措为六世达赖，并派遣密使赴京请封。1701年，和硕特汗国最后第二任可汗达赖汗朋素克去世，和硕特汗国最后一任可汗拉藏汗继承汗位，清朝康熙皇帝册封为翊法恭顺汗。

1705年，准噶尔部与清朝再度发生战争，拉藏汗进攻拉萨，罢免并诱杀第悉桑结嘉措。1706年6月28日，拉藏汗杀桑结嘉措后，更与康熙皇帝决定同时废黜第六世达赖喇嘛仓央嘉措，重新选定阿旺伊西嘉措为六世达赖，得到康熙的册封。此举激怒了拉萨的僧侣，他们在哲蚌寺齐集保护仓央嘉措。然而，当拉萨汗的部队炮轰哲蚌寺时，为阻止喇嘛们的惨重伤亡，仓央嘉措选择自愿受缚。之後，押解至北京。按官方资料记载，仓央嘉措于同年11月15日北上途中死于青海湖附近公噶瑙尔。另一说，仓央嘉措在押解途中逃脱，曾现身藏东南，后前往藏南、拉萨、蒙古，并在蒙古阿拉善隐居直至1746年去世。

1709年清康熙四十八年，清朝廷派遣侍郎赫寿前往喇萨，办理西藏事务。此为清代派遣大臣驻藏办理政务之始，但仅为临时派员，未成定制。1713年，清朝政府正式授予五世班禅喇嘛金印、金册，确定班禅和达赖的同等地位，“互为师”，谁大谁为师。

1716年，准噶尔部派兵入侵西藏，攻打拉萨。1717年准噶尔汗国新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地区，灭和硕特汗国，并且占领拉萨。清军多次被准军击败，最後於1720年由胤禵率军驱除成功，协助达赖七世入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区，这是清朝经营青海、西藏地区之始。

雍正时期

雍正时期，平定青海亲王罗卜藏丹津之乱後，雍正帝又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以控管青藏地区。1718年，清朝由青海路出兵入藏攻打准噶尔军队，不过全军覆没。1720年，清政府派兵护送七世达赖回藏。同年，後西藏向清政府求援，清朝第二次出兵才赶走准噶尔军。清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。清政府从此在西藏驻军。1

1724年，清军击败准噶尔。1727年雍正五年正月，清世宗派遣内阁学士僧格、副都统马喇驻喇萨，“与达赖喇嘛、康济鼐、阿尔布巴等和衷办事”，并设立驻藏大臣衙门。自此，朝廷派驻藏大臣二员办理西藏事务。

乾隆时期

1739年乾隆四年，晋封噶伦颇罗鼐为多罗郡王。1747年，颇罗鼐病故，其次子珠尔默特那木札勒袭封郡王。珠尔默特那木札勒“素不信奉达赖喇嘛，心怀仇隟”，表面上顺从驻藏大臣，暗中联络蒙古准噶尔部，伺机起兵反叛。1749年，珠尔默特那木札勒攻杀其长兄“阿里公”珠尔默特策布登，控制了阿里。1750年，驻藏大臣傅清、拉布敦迫於情势，诱杀珠尔默特那木札勒，随後为其党羽卓呢尔（官名）罗卜藏札什所杀。随後，清朝廷派四川总督策棱领兵入藏平叛。清政府驻藏大臣制度最终确立，成为定制，不再册封噶伦为札萨克，防止权力集中於世俗贵族之手。

1751年，清朝颁行策棱所奏的《西藏善後章程》十三条。章程规定，噶伦员额为四人，且必须于公所（噶厦）办理政事。“查旧例噶隆会办事件，原有噶沙之公所衙门。自颇罗鼐後，各噶隆竟不赴公所，俱於私宅办事。……今噶隆业已照例补放，自应遵照旧例，遇有应办事件，俱赴公所会办。”章程扩大了驻藏大臣的职权，并首次正式规定了达赖喇嘛的世俗权力，形成了驻藏大臣、达赖与班禅的僧官系统、噶厦俗官系统三者制衡的状态；正式设立噶厦政府，驻地在拉萨大昭寺，长官为噶伦，秉承驻藏大臣、达赖喇嘛旨意办事。

从清初到18世纪末清廷对西藏的控制呈逐步加强的趋势。乾隆皇帝当政时期，强大的六世班禅赴京觐见，为乾隆皇帝庆祝70大寿，由于拒绝接种，感染天花在承德去世，将随身携带的金苯巴瓶留在承德仿布达拉宫建造的普陀宗乘之庙。六世班禅曾是乾隆老师，乾隆赠送给了班禅喇嘛及其兄弟姊妹很多金子。但班禅喇嘛的驻锡地扎什伦布寺却没有给六世班禅的兄弟白教第十世夏玛巴他的那部分。当夏玛巴的杨巴千寺的管理员对此事抱怨时，扎什伦布寺答复说，金子全部都是属于扎什伦布寺的。第十世夏玛巴还遭到诽谤，说他为了重新得到他的寺院，策划谋反西藏政府。从而在西藏政府与夏玛巴相互仇视。1784年，夏玛巴撤离西藏去了邻国廓尔喀（今尼泊尔）。

1791年，廓尔喀因与西藏盐税银钱纠纷与白教祖古夏玛巴唆使，军队入侵西藏，意图抢掠遍布西藏各地的寺庙中的财富。当时，西藏政府请求满清政府派兵支援。1792年，乾隆命清朝大将军福康安同参赞大臣海兰察率领清兵支援当地藏兵，将廓尔喀军队驱返喜马拉雅山南麓，甚至还反攻至廓尔喀首都－阳布外二十公里的热锁桥，迫使廓尔喀向清朝五年朝贡一次。驱逐廓尔喀军队之後，满清官兵以完善西藏行政为理由，订立了治理西藏的多项章程，要求以“金瓶掣签”认定达赖喇嘛、班禅喇嘛和其他呼图克图的转世。《藏内善後章程》二十九条，大大加强了驻藏大臣的权力。1793年，上述章程的部分条款汇编成“钦定藏内善后章程”，并翻译成藏文，详细规定西藏的宗教事务、外事、军事、行政和司法权力，达赖、班禅转世程序，地方政权的组织结构，并正式划分西藏和青海、四川、新疆等省份的边界。此后西藏的政务完全依照此章程行事。2

清朝末期

1888年光绪十四年，英国发动第一次侵略西藏的战争，清政府求和，英国要求清政府签订不平等条约以结束战争。1890年3月17日，中英二国在印度的加尔各答签订《中英藏印条约》，中方代表是驻藏帮办大臣升泰，英方代表是印度总督兰斯敦（Lansdowne）。通过这个条约，哲孟雄（锡金）成为英国的保护国，一切内政外交皆听命於英人。西藏由此失去藩篱，再无险可固；此外，条约划定藏哲边界，使西藏丢失了岗八宗以南的大片牧场和险要地区。西藏上层对此条约非常反对，向驻藏大臣衙门上禀帖谴责升泰的作为。