建设沿革

清净寺始建于北宋大中祥符二年（1009年），是年为回历400年。初名"圣友之寺"。

到元代至大三年（1310年，伊斯兰教历710年）由耶路撒冷人阿哈玛出资重修，为该寺“建筑了高悬的穹顶，加阔了甬道，重修了寺门并翻新了窗户。”

元至正间（1341—1368年）寺坏，里人金阿里重建。

明正德二年（1507年），因元至正间吴鉴的重修《记》碑“旧碑年久朽敝无征”，遂于重立，竖《重立清净寺碑》。

隆庆元年（1567年），木塔坏，知府万庆令住持夏东升、教人苏养正等，修塔五层（并修建明善堂）。

万历三十五年（1607年），泉州地震，房屋倾斜，楼角颓毁。主体建筑寺门、奉天坛等仍保持了原来的规模。

万历三十年（1609年），时任知府的姜志礼与知县李侍问捐俸重修，令教人林日耀住持。重修时改礼拜寺塔为七层，即所谓“七级凌日”。并按道教的太极、两仪、四象、八卦、乾元、九天等来设计的改建礼拜寺大厅。采取“建筑之间加甬道、留通巷”，并拆除原来用作宰牛的大片炉灶，防生火灾；加甬道或留通巷更是为了避免地震时外墙或临屋倒塌，波及毗连屋栋成列倾倒的情况发生。

清康熙二十六年（1687年），“泉州大风，礼拜寺塔圯”（《康熙志稿》），从此未能修复。

清康熙五十一年（1712年），福建汀延邵等处地方总兵官左都督陈有功、福建陆路提标左协中军游击陈美来官泉州，目睹泉州伊斯兰教式微，“即延师谏督我教门诸子，学经解篆”，重兴通淮街清净寺，在寺中办学校，学习阿拉伯文字，读《古兰经》，解释《古兰经》。

1952年，整修门楼，解决门楼漏水，移掉门楼上的大榕树。

1957年，把斑驳不堪的黑砖围墙改为花岗岩围墙。

1961年，被国务院列为首批全国重点文物保护单位。

1983年，移出居住于寺内的12户回民，维修明善堂，新建小型展览馆。

1997年，重建明善堂，新建两个清净古桥尖拱门。

2002年，重修西面围墙。

2008年，由阿曼苏丹国王全额捐资，在寺东边添建新礼拜堂。