人物简历

1991年本科毕业于湖南医科大学(现中南大学湘雅医学院)临床医疗系六年制全英文授课英语医学班。直升该校研究生院，1994年获医学硕士学位。2000年获中南大学医学博士学位。2000-2005年为美国范德堡大学（Vanderbilt University）博士后。2005年8月回国就职于上海生物信息技术研究中心，创建应用医学课题组。有六年制医学本科的完整临床医学教学和实习训练，研究方向经历了由肿瘤免疫学、肿瘤分子机理实验研究到肿瘤生物信息学、蛋白质组学生物信息学的逐步延伸和拓展，融合了医学、实验肿瘤学和生物信息学的交叉背景。

研究方向

肿瘤生物信息学：包括肿瘤基因组测序分析；肿瘤相关分子标记物的筛选；肿瘤病因、亚类、疗效、预后等分类预测；肿瘤调控网络研究等。

蛋白质组学生物信息学: 包括蛋白质翻译后修饰的功能研究；蛋白质功能注释及信号传递网络分析；蛋白质基因组学等。

目前工作方向包括多组学数据分析及整合、肿瘤免疫治疗、临床预后预警建模及人工智能辅助决策系统研究。同时致力于精准医学生物信息平台研发、以及生物信息学人才培养。

学术成就

团队照片

曾获湖南省科技进步二等奖，湖南省医药卫生科学技术进步一等奖，美国癌症协会（AACR）年会年轻学者奖。带领课题组承担了十多项国家和地方科研项目，包括科技部973，863，传染病重大专项，国家自然科学基金等，带领团队开发了十余项生物信息学软件。截至2020年8月国内外已发表学术论文超过140篇，其中国际杂志SCI论文的总影响因子约500分，引用次数超过4200次。2006年上海市浦江人才。曾获上海市自然科学一等奖，湖南省科技进步二等奖等。上海领军人才，上海市先进工作者。

代表性软件工具

dbPepNeo: 肿瘤新抗原肽数据库

Ineo-Epp：肿瘤新抗原免疫原性预测

ProGeo-Neo：蛋白质基因组学流程预测肿瘤新抗原

OmicsBean-Cancer：肿瘤多组学数据分析及制图

dbPHCC：肝癌预后分子及预后建模

ShanghaiScore：多中心肝癌术后病人预测及辅助治疗建议

dbDEPC3.0：肿瘤差异表达蛋白质分子标记物

SysPTM2.0：全翻译后修饰数据库

PhoSigNet：人磷酸化介导的信号通路网络