背景设定

《星际争霸Ⅱ：虚空之遗》围绕游戏《星际争霸Ⅱ》前两个资料片《自由之翼》及《虫群之心》的故事进行发展，并且成为了《星际争霸Ⅱ》三部曲的终章。在游戏剧情中，星灵主角阿塔尼斯和泽拉图试图将族人团结一致，共同对抗来自虚空中威胁着整个宇宙的远古邪恶力量。

人类英雄吉姆·雷诺和刀锋女王凯瑞甘的命运也仍然悬而未决。星灵的战役将会环绕星灵内部部落的纷争展开。玩家将会与不同的部落合作，以此建立联盟并进行下一部分的剧情，同时其他的部落也可能会变为敌人。玩家最终的目标是集合所有的部落，组成一个强大的力量以保证星灵的存活2。

自由之翼

在母巢之战的四年后，吉姆·雷诺和他的追随者组建了反抗组织游骑兵，他们乘着休伯利安号发动对阿克图尔斯·蒙斯克元首的革命，而后者通过宣传与恐吓手段，逐渐重掌了帝国的控制权。

在追寻神器的过程中，雷诺掌握了蒙斯克利用异虫打击旧联邦首都的罪证。与此同时，黑暗圣堂武士泽拉图带来一颗记录着有关末日预言的伊翰水晶。雷诺通过这一条预言得知凯瑞甘是避免异虫歼灭所有生命的唯一希望。随后，雷诺把蒙斯克的罪证发送到帝国的所有星球，使蒙斯克的政权遭受强烈动荡。

莫比斯基金会幕后主使，瓦伦里安·蒙斯克主动联系他，并透露手上的萨尔纳加神器碎片可以合而为一并在完整状态下启动就可以使刀锋女王恢复人类身份。吉姆同意和瓦伦里安联手。在取得最后一块神器碎片之后，雷诺游骑兵与霍瑞斯·沃菲尔德将军顺利执行了净化刀锋女王的行动。

随着刀锋女王莎拉·凯瑞甘看似恢复的人类身份，虫群也陷入了分崩离析。雷诺帮助疲惫不堪又失去刀锋女王记忆的凯瑞甘逃离查尔3。

虫群之心

剧情由雷诺掩护凯瑞甘逃走的时候失散开始，之后凯瑞甘回到了休伯利安号没有找到雷诺，自己坐着运输机离开了休伯利安号。

后来蒙斯克放出消息，称已经立刻处死了雷诺，为了复仇，她逐一统一了查尔星上的异虫，并通过进化使异虫更强大。凯瑞甘重回异虫的发祥地泽鲁斯，击败了原生异虫，同时获取了那里古老的力量，而她也失去了人型，变回了刀锋女王的外形。她摧毁了混合体实验室，并杀死纳鲁德，她找出了藏着雷诺的监狱船，并亲率部队救出了雷诺，但雷诺见到她恢复刀锋女王的外观之后非常失望。

最终异虫大军攻入了克哈——自治联盟的主星。蒙斯克企图用灵能干扰器消灭异虫，但原生异虫的部队不受其影响，异虫大军顺利攻入了首都。这时，雷诺的部队也赶来帮忙，在紧要关头，雷诺出现了，他击倒了蒙斯克，破坏了神器的操作装置，凯瑞甘则亲自对蒙斯克进行了灵能侵袭4。

故事结局

主控制台

经过多场惨烈的战斗，星灵终于击败了远古恶神埃蒙并夺回了艾尔，将其赶回虚空。某天，收到神秘力量的召唤，人类、星灵、异虫的部队在雷诺、凯瑞甘和阿塔尼斯的带领下来到虚空。凯瑞甘得到了萨尔纳加的传承成为新的萨尔那加，并最终彻底打败了埃蒙。

此后的某一天，雷诺正独自一人坐在酒吧里，这时门突然打开，完全人形的凯瑞甘出现在他的面前。她说：“准备好了吗，牛仔？”雷诺回答道：“来吧，好戏开场了。”此处正对应了《自由之翼》的开场白。从此以后，雷诺和凯瑞甘再也没有出现在众人视线内，人们只发现雷诺离开时留在酒吧里的警徽。而人们同时发现宇宙中的荒芜星球仿佛在一夜之间恢复了生机，但是一直没能发现原因。