间型脉孢菌子囊壳聚生或散生，黑褐色，直径310―640微米，有突起的孔口；子囊圆柱形，有短柄，170―220×5微米，内含8个孢子；孢子单行排列，椭圆形，绿黑色，有纵纹，19―26×12―15微米，典型的23×13微米。分生孢子在葡萄糖洋菜培养基上橙黄色，成串，球形至卵形，11―21×10―11微米。