蚌埠海关于1995年5月经国务院批准设立，1997年4月28日正式建成开关。全关现有在编干部职工21人（其中交流干部2人，在外交流干部1人），人员主要来自社会招考和院校毕业安排，平均年龄35岁。其中党员14人，占总人数的63.6%；硕士研究生2人，双学位1人，本科16人，大专4人。现内设机构为二科一室，其中业务一科负责内勤、业务二科负责外勤。

蚌埠海关所辖业务监管区域为蚌埠、淮北、宿州三市，属内陆型海关，集中办理减免税、加工贸易等属地管理的业务。拥有二类口岸—蚌埠铁路南货场，通过铁海联运与上海口岸直通，进出便捷。