祐树（ユウキ）和小遥（ハルカ）祐树和小遥是丰缘地方冒险的主人公。玩家可以于男孩（祐树）和女孩（小遥）中任选其一。如果玩家选择男孩，那么女孩将作为玩家在游戏中的劲敌，反之亦然9。

大吾（ダイゴ）兹伏奇大吾出身高贵，兴趣是收集罕见的石头。身为丰缘联盟冠军的大吾擅长使用钢系10。大吾会使用超级胸针中的键石完成超进化11。

小田卷博士（オダマキ博士）小田卷博士与主人公的父亲千里自上学起便是好朋友。沉迷于口袋妖怪的研究。在小田卷博士被野生口袋妖怪围攻时，主人公为了帮助小田卷博士而与自己的口袋妖怪初次相遇并产生羁绊12。

千里（センリ）千里是主人公的父亲，对主人公循循善诱。与小田卷博士自上学起便是好友。擅长一般系口袋妖怪。橙华道馆的道馆训练家。期待着主人公的挑战13。

超级烈空坐（メガレックウザ）超级烈空坐是龙系和飞行系神奇宝贝，特性变化气流，可以保护飞行系口袋妖怪，当该口袋妖怪登场时，天气转为乱流持续到该口袋妖怪下场。在乱流天气下，岩石系、电系、冰系技能对飞行系的伤害由两倍变为一倍。影响天气的特性或技能发动失败。可以学会技能画龙点睛。

超级火焰鸡（メガバシャーモ）超级火焰鸡是炎系和格斗系神奇宝贝。特性加速，持有该特性的神奇宝贝每回合结束速度上升1级。身高1.9m，体重52.0kg。

超级蜥蜴王（メガジュカイン）超级蜥蜴王是草系和龙系神奇宝贝。特性避雷针，吸收所有电系技能攻击。身高1.9m，体重55.2kg。

超级巨沼怪（メガラグラージ）超级巨沼怪是水系和地上系神奇宝贝。特性轻快，下雨或下大雨天气时，速度能力变为原来的2倍。身高1.9m，体重102.0kg。

原始固拉多（ゲンシグラードン）原始固拉多是地上和炎系神奇宝贝，特性为终结大地（おわりのだいち，Desolate Land），可以制造阳光强烈的天气，直到口袋妖怪下场都无法改变，并且水系技能无法使用。身高5.0m，体重999.7kg。可以学会技能断崖之剑20。

原始盖欧卡（ゲンシカイオーガ）原始盖欧卡是水系神奇宝贝，特性始源之海（はじまりのうみ，Primordial Sea），可以制造暴雨天气，直到口袋妖怪下场都无法改变，并且火系技能无法使用。身高9.8m，体重430.0kg。可以学会技能根源波动21。

群聚对战（群れバトル）群聚对战是在《口袋妖怪XY》中首次出现并受到好评的一种“一对多”的对战模式。在这种对战模式中，主角需要同时与5只野生神奇宝贝进行战斗。 与二对二对战不同，这种对战中成群出现的神奇宝贝往往是同一物种的，但也有可能出现来自同类设计或拥有相似共同点的神奇宝贝。

在《口袋妖怪终极红宝石·始源蓝宝石》中，群聚对战也可以发生在与NPC的对战中，能够同时和多个NPC对战。这些NPC成群出现，每个NPC只有一只神奇宝贝。