第一幕：鲜血

16世纪，马耳他骑士摩根布莱克和骑士团团长艾伦率领部队反击土耳其人的进攻，战争中无意得到一个远在加勒比海的青春之泉的信息。击退土耳其人后，摩根和艾伦带领骑士跨越大西洋来到美洲，期间和女海盗莉丝的海盗舰队相遇并得到其帮助，到达新大陆后他们帮助阿兹特克人抵抗西班牙人进攻等等，后来却发现艾伦背叛骑士团，和邪恶的藏骨集团勾结控制了青春之泉。摩根和同样来到新大陆的土耳其人合作，摧毁了青春之泉。

第一关：突围

第二关：进入洞穴

第三关：海盗！

第四关：奥斯曼堡垒

第五关：阿兹特克神殿

第六关：海盗的援助

第一幕：火焰

故事的主人公是前作中的易洛魁人坎勇凯的侄子也就是艾米利亚的父亲耐萨尼奥。美国独立战争中，曾经强大而团结的易洛魁部族发生分裂，一部分帮助英军战斗，另一部分则帮助美国人进行独立战争。战役中耐萨尼奥与华盛顿并肩作战，与英国人艰苦斗争，参加了萨拉托加战役、约克镇战役等一系列美国独立战争中的著名战役，为美国独立立下功勋。但是战役却隐瞒了一些史实：历史上独立战争中更多易洛魁人帮助英军作战，而华盛顿为了报复则派兵进攻易洛魁村庄，大肆烧杀抢掠，所到之处尽成焦土。耐萨尼奥这样的人或许确实存在，但是很多人却忘了即使美国的国父也有这样不光彩的往事。

第一关：战斗之舞

第二关：营救

第三关：布里德山

第四关：穿越特拉华河

第五关：萨拉托加

第六关：佛吉峡谷

中国战役

郑和下西洋是中国历史上的著名事件，近几年有些学者认为郑和的舰队曾经发现新大陆，这个战役的灵感正是由此而来，既有历史背景，又不乏幽默的想象力。永乐皇帝的侄子王晋海带领都指挥黄坚修建庞大壮观的寻宝舰队，却走错航线来到了美洲大陆。黄坚和船员们和美洲的阿兹特克人战斗，后来又发现王晋海拥兵叛乱，并与部分当地土著结盟自立为王反抗朝廷。黄坚带领船员消灭了晋海的军队，随后离开了美洲，清除了自己来到此地的一切痕迹，从此再也没有回来。

第一关：危险的启航

第二关：登陆沙滩

第三关：失落的寻宝船

第四关：荒野营救行动

第五关：没有永远的帝国

结尾：沧海桑田

阿若奥卡尼亚

大平原

落基山脉

西北区域

尤卡坦

安第斯山脉

德干高原

蒙古

西伯利亚

育空

奥里诺科

德克萨斯

潘帕斯草原

锡兰

沼泽地

巴塔哥尼亚高原

黄河

婆罗洲

喜马拉雅山脉

中南半岛

本州岛

加勒比海

沙格奈

新英格兰

普利茅斯