凯恩和雷丁顿遭到柏林的追踪，雷丁顿找到了柏林雇佣的赏金猎人巴尔的摩伯爵。FBI破解了巴尔的摩伯寻找目标的数据分析法，并由此发现伯爵真正要找的目标是雷丁顿的妻子内奥米。凯恩立刻赶去内奥米的住处，却没能阻止她被伯爵掳走。凯恩逮捕了伯爵诺拉，而诺拉因曾杀死了自己的胞姐罗文患上精神分裂。凯恩与汤姆的婚姻宣布无效，她剪短了头发重新开始，受伤的哈罗德终于重回岗位。

为犯罪分子秘密洗钱的君主银行华沙分行遇袭，凯恩通过雷丁顿得知后立刻与莱斯勒前往波兰。凯恩认为银行会计卡娅在袭击中被绑架，却在之后的审讯过程中发现卡娅因患超忆症而掌握着所有的洗钱罪证。安全屋遭遇多重袭击，卡娅不慎中枪身陷险境。雷丁顿带走了卡娅，他转移了柏林的全部资产作为要挟以救回被绑架的前妻。凯恩帮助他解冻资产成功救人，柏林却再次逃脱。

曾受尊敬的卡温顿医生卷入一起医疗纠纷后消失，FBI对他进行非法器官租赁一案展开调查。保罗因无法支付心脏租金惨遭剜心，凯恩通过检查其他受害人的尸体找到了卡温顿的供应商艾碧医生。凯恩伪造捐赠人信息引蛇出洞，嫌犯却在逃亡时死于车祸断了线索。尼科背叛了雷丁顿倒戈柏林，瓦尔加斯假意与他串通帮除掉了叛徒。FBI通过电话追踪找到了卡温顿，凯恩坚持让他完成了移植手术救活一名男孩。

雷丁顿透露政府在对有战士基因的人进行精神控制实验，他拜托哈斯凯尔帮助凯恩确定了这个黑色预算项目七号实验者的身份。内奥米和丈夫弗兰克拒绝留下，雷丁顿以揭发弗兰克的婚外情威胁他接受保护。凯恩化名并以病人的身份接近克里尔医生，她趁其不备偷取电脑密码找到了医生的下一个操纵目标，克里尔最终遭射杀身亡。凯恩希望内奥米能帮自己解开关于过去的疑问，两人的对话却被雷丁顿打断。

前线组织领袖贝克为了拿到与鼠疫病毒有关的地图不惜杀死妻子，专家莉莲透露埋葬病毒的地点就在斯塔顿岛。贝克在FBI之前找到了移放尸骸的教堂，他的同伙打伤了凯恩将病毒带走。感染肺炎性鼠疫的首位受害者死亡，贝克怂恿众人吸入赌气导致变异的病毒开始蔓延。FBI立即赶往机场拦截病毒携带者，萨玛在追捕中不幸感染病毒。疾病中心研制出了解药，隔离人员和乘客都已得到治疗。