《奇博少年3:能量装置的秘密》讲述飞龙为了让龙崎、雷欧、鲁凯和罗泰、米娅成为好朋友，改变在未来世界中罗泰与龙崎几人彼此敌对的关系，制造了不少相处的机会，同时以能量奇博发明出种种新颖的游戏和玩法，从而拉拢五人在一起。同是拥有魔方机械人和能量奇博的五人因年龄、兴趣相仿，在飞龙的安排下经常一起玩奇博，更用奇博进行各种各样的比赛，五人也很快因此而熟悉起来。