DNA技术
概念
DNA(Deoxyribonucleic acid),中文译名为脱氧核糖核酸,是染色体的主要化学成分,同时也是基因组成的,有时被称为“遗传微粒”。DNA是一种分子,可组成遗传指令,以引导生物发育与生命机能运作。主要功能是长期性的资讯储存,可比喻为“蓝图”或“食谱”。其中包含的指令,是建构细胞内其他的化合物,如蛋白质与RNA所需。带有遗传讯息的DNA片段称为基因,其他的DNA序列,有些直接以自身构造发挥作用,有些则参与调控遗传讯息的表现。
发展历程
我国法医DNA技术的发展道路不是很长,但却取得了突出的成果,在侦查破案中发挥了巨大的作用。 在“七五”后期,从1987年起,我国正式立项对DNA指纹技术进行研究,经过两年的努力,至1989年我国首次把DNA指纹技术应用于办案,开始了我国 法医DNA检验的新时代。随着DNA指纹技术的不断应用,技术人员越来越感到其不能满足实际工作的需要,存在许多不足之处。 “八五”期间,我国把解决法医DNA检验存在的疑难问题的研究列入重点攻关计划。在DNA指纹技术的研究中装备了国产化的多位点探针,建立了用非同位素标 记探针的方法检测DNA指纹技术;在利用PCR技术进行DNA检验的研究中建立了检测DNA扩增片段长度多态性的方法,用于一系列多态性位点的分析;在解 决毛发、指甲等特殊检材的检验上,建立了测定人类线粒体DNA序列多态性的方法。所有这些成果,扩大了DNA技术检验各种检材的能力,更加适合于实际检材 的需要,尤其是PCR检验方法的建立,使得DNA技术更有生命力,适合于推广应用。 进入“九五”期间,我国法医DNA检验技术又有了新的发展,除了对一些疑难检材如骨骼等的检验进行研究外,商品化DNA检验试剂盒的出现,使DNA检验技 术更加规范和标准化,尤其是STR复合扩增技术的应用使DNA检验技术步入了新的阶段。在检测方法上,也从银染法人工染色、肉眼观察分析结果发展到荧光法 自动电泳收集、计算机分析结果,一次检验分析的STR多态性位点显著增多,最多的一次检验可达16个位点,大大提高了个体识别率,达到了同一认定的水平。 经过十余年的刻苦攻关,法医DNA检验技术取得了丰硕的成果,DNA指纹技术正日趋被淘汰。目前,随着PCR多态性系统的大量增多,基于PCR方法进行的检验在个体识别率上显著提高,在我国使用DNA指纹进行办案的实验室也大大减少,该方法在案件鉴定中已基本被淘汰。 STR是存在于人类基因组DNA中的一类具有长度多态性的DNA序列,其核心序列一般由2~6个碱基构成,不同数目的核心序列呈串联重复排列,而呈现出长 度多态性。一般认为,人类基因组DNA中平均每6~10kb就有一个STR位点,其多态性成为法医物证检验个人识别和亲子鉴定的丰富来源。与DNA指纹技 术相比,基于PCR技术的STR多态性分型在操作上要简便得多,在灵敏度上要高得多,在检验降解DNA的能力上要强得多,在结果分析上要标准得多。同时, 由于STR的扩增片段较短、扩增条件类似,能够在同一体系中进行复合扩增,一次检验就获得较多的多态性信息。分析STR位点的多态性是法医DNA检验技术 的新突破,目前己成为法医学上个体识别和亲子鉴定主要技术方法。 在检测方法上,目前国内根据各自实验室情况的不同,分别采用银染法和荧光法进行STR的分型。近两年来,荧光法检测技术以其快速(一次检验仅需数小时)、 灵敏度高(适合现场提取的微量样品的检验)、检验结果更加准确(每个泳道内都加入内标)、易于标准化和建立数据库等优点逐渐代替了银染法检测技术,但是使 用荧光自动分析方法对STR位点分型又有所需仪器设备以及所用消耗试剂昂贵的缺陷。 |
DNA的复制、修复与重组DNA技术
DNA是储存遗传信息的物质,亲代的遗传信息如何真实地传给子代,这个问题的实质就是DNA分子如何复制(replication)成完全相同的两个拷贝,即DNA的合成,可见通过复制,遗传信息得以在传代中保留。
DNA分子中的遗传信息又如何表达呢?现知基因表达的第一步是通过转录(transcription),即DNA的碱基按互补配对(G-C,A-T,A-U)的原则转变为RNA分子上相应的碱基序列,接着RNA通过翻译(translation),以三个碱基的序列作为一个氨基酸的遗传密码,从而决定蛋白质的一级结构。不同基因编码不同结构的蛋白质,表现出不同的功能,因而体现出多种多样的生命现象。遗传信息从DNA经RNA流向蛋白质的过程,是Crick于1958年提出的,称为分子生物学的中心法则(central dogma)(图12-1)。1970年Temin提出“逆向转录”(reverse transcription)扩充了中心法则的范围。
基因或DNA是遗传信息的携带者,在细胞分裂过程中,亲代细胞所含的遗传信息,完整地传递到两个子代细胞。这个过程的实质问题是DNA分子如何复制成完全相同的两个拷贝,有许多酶和蛋白质参与复制过程,通过正确和完整的复制,亲代DNA的遗传信息真实地传给子代,这是遗传信息一代一代传递下去的分子基础,这也是本章的重点内容。但生物体内外环境存在着使DNA分子损伤的因素,因此机体还必须有一套DNA修复的机制。最后还将介绍一些有关重组DNA技术的概念和方法。
DNA复制的几个基本原则
一、半保留复制
Watson和Crick于1953年提出的DNA双螺旋模型,碱基互补配对的原则,为DNA分子的复制提供了理论基础,即亲代的DNA双链,每股链都可以作为模板,按碱基互补配对原则指导DNA新链的合成,这样合成的两个子代DNA分子,碱基序列与亲代分子完全一样。但一条链是来自亲代的DNA链,另一条链是新合成的链,此即为半保留复制 (semiconservative replication)。用15N标记亲代的DNA链,而用14N标记新合成的DNA链的实验,证实子代的DNA分子,一股链含15N,另一股含14N。
二、半不连续复制
DNA双螺旋的两股链是反向平行(antiparallel)的,新合成的两股子链,一股的方向为5′→3′,另一股为3′→5′。那么体内是否存在两种DNA聚合酶?一种催化核苷酸以5′→3′方向聚合,另一种以3′→5′方向聚合。但从现知所有的DNA聚合酶都只能催化5′→3′方向合成。这个问题直到1968年冈崎(Okazaki)发现大肠杆菌DNA复制过程中出现一些含1000 ~2000个核苷酸的片段,一旦合成终止,这些片段即连成一条长链。这种小片段被称为冈崎片段(Okazaki fragment)。因此,复制时亲代DNA分子中那股3′→5′方向的母链作为模板,指导新链以5′→3′方向连续合成,此链称为前导链(1eading strand)。在前导链延长1000 ~2000个核苷酸后,另一母链也作为模板指导新链也是沿5′→3′合成1 000 ~2 000个核苷酸的小片段,这就是冈崎片段。随着链的延长,可以有许多个冈崎片段,这条称
为随从链(1agging strand)。可见,随从链为不连续复制,所以DNA为半不连续复制(semi-discontinuous replication),如图12-2所示。复制后,这些冈崎片段由DNA连接酶的作用而连接成完整的新链。
三、RNA引物
目前所发现的DNA聚合酶都需要一个具3′-OH的引物,才能将合成原料dNTP一个一个接上去。因为DNA聚合酶不能催化两个游离的dNTP在DNA模板上进行聚合,如图12-3所示。实验又发现抑制RNA聚合酶的药物如利福霉素(rifampicin)能抑制DNA的复制。再者在体外DNA复制实验中发现冈崎片段的5′端都有一小段4~12个核苷酸的RNA引物(RNA primer)。现知RNA聚合酶合成新链时不需要引物,能直接催化游离NTP聚合。可见RNA引物为DNA聚合酶提供聚合新核苷酸所需的3′-OH。RNA引物最后被DNA聚合酶Ⅰ除去,留下的空隙也由该酶补满,缺口再由DNA连接酶封口。
在DNA的复制需要RNA引物呢,除了DNA聚合酶不能催化两个游离dNTP的聚合,而RNA引物酶却具有此能力外,这种作用尚可尽量减少DNA复制起始处的突变。因为游离核苷酸起始处的聚合最容易出现差错,若用RNA引物,即使出现差错,由于最后将被DNA聚合酶Ⅰ切除,便可提高DNA复制的真实性。
四、复制的真实性
DNA复制过程是非常复杂的,需要许多酶类和蛋白质因子参加。这既保证DNA复制的速度,又保证产物的高度真实性。这也保证了自然界种族延续中生物遗传特性的相对稳定性。